Mindestens einmal jährlich werden alle Biobauern, Verarbeitungsbetriebe und Händler auf die Einhaltung der Vorschriften für den Biolandbau kontrolliert. Falls es bei einer Kontrolle zu Beanstandungen kommen sollte, werden Sanktionen vergeben und meist weitere, unangemeldete Nachkontrollen vorgenommen. Alle 7 österreichischen Kontrollstellen bzw. eine deutsche, die in Österreich akkreditiert ist, sind unabhängig und werden von der Lebensmittelbehörde eines Bundeslandes mit der Kontrollaufgabe betraut.

Kontrollen vor Ort - beim Landwirt
Die Kontrollore überprüfen:

• Artgerechte Tierhaltung
• Futtermitteleinsatz
• Bodenbearbeitung
• Düngemitteleinsatz
• Be- und Verarbeitungsräume

Die Ergebnisse werden schriftlich festgehalten - kommt es zu Beanstandungen werden Sanktionen verhängt und weitere unangemeldete Kontrollen folgen.

Kontrollen vor Ort - beim Verarbeiter
Die Kontrollore überprüfen:

• Einkauf und Mengenfluss
• exakte Trennung zwischen konventioneller und biologischer Produktion (getrennte Verarbeitungskreisläufe)
• stammen die als biologisch gekennzeichneten Produkte aus biologischer Produktion
• alle Produkte müssen genau etikettiert und mit der Kontrollnummer versehen sein

Im Handel sind all jene, die biologische Waren lagern, selbst verpacken oder verarbeiten, kontrollpflichtig und werden von einer Kontrollstelle zertifiziert. Einzelhändler, die Bio-Produkte nicht weiterverarbeiten, sondern nur die bereits verpackte und etikettierte Ware direkt an die KonsumentInnen verkaufen, sind hingegen nicht kontrollpflichtig.